Sysmässä on 6 Natura-aluetta, joista tunnetummat ovat Kammiovuori ja Päijätsalo sekä Päijänteen alue. Muita ovat Hirvijärvenkallio-Vastamäki, Sysmän lintuvedet ja Tupsuvuori. Yksityiskohtainen kuvaus ja kartta kustakin Natura-alueesta löytyy valtion ympäristöhallinnon internet-sivuilta ymparisto.fi. Natura-alueiden suojeltujen luontoarvojen merkittävä heikentäminen on luonnonsuojelulain nojalla kielletty.
Hirvijärvenkallio-Vastamäki
Kammiovuori
Päijänteen alue
Päijätsalo
Sysmän lintuvedet
Tupsuvuori